La investigación es inherente a la Universidad. La creación artística impulsada por el MUN se concibe como investigación y para ello el museo trabaja para conseguir un adecuado registro del proceso. El Museo promueve la investigación sobre artes, para las artes y en las artes buscando compartir y enriquecerse mutuamente a través de la colaboración frecuente con la comunidad académica en el desarrollo de los diversos proyectos.
El Museo trabaja en la creación de un Archivo de Procesos Creativos en el que quedan recogidas las distintas fases y procesos por los que discurren los proyectos de investigación y creación que llevan a cabo los artistas.
En dichos procesos de investigación para construir sus propios proyectos, los artistas colaboran con la dirección artística del Museo y cuentan si así lo desean con académicos, comunidad universitaria y otros centros de la Universidad. Esto enriquece el proceso gracias a la colaboración.
Adicionalmente, el Museo establece especiales alianzas y complicidad con el ICS (Instituto Cultura y Sociedad) con el que trabaja en proyectos conjuntos o proyectos que conllevan la organización o producción de eventos compartidos.
Tampoco podemos olvidar los proyectos de investigación al uso, a través de los cuales los profesionales del Museo colaboran con facultades y expertos en proyectos de Investigación Universitarios que dan lugar a publicaciones en formato libro o artículos académicos.
