Rafael Moneo, único arquitecto español ganador del Premio Pritzker (1996), fue el encargado del proyecto para el que quiso dar un toque de abstracción en consonancia con la estética de artistas como Antoni Tàpies o Pablo Palazuelo y las obras de arte contemporáneo que alberga el centro artístico. El edificio ocupa el valle entre dos colinas del campus universitario, uniéndolas, por lo que su respeto e integración en el entorno donde se emplaza es una característica relevante del edificio.

En su interior, el edificio dispone de amplios espacios expositivos que conviven con un teatro, y diversas estancias con carácter más docente, como aulas o talleres y con espacios disponibles para el alquiler por parte de terceros. 

Desde el Museo, el visitante obtiene una visión panorámica de todas las facultades y centros de la Universidad de Navarra. Este hecho proporciona la sensación de que el edificio abraza todas las disciplinas, una característica que coincide con la misión de este museo universitario: poner en diálogo el arte con todas las ciencias.