En el curso 2019-20 el Museo Universidad de Navarra se vio sumido, como el resto de instituciones y toda la sociedad, en una situación insólita de pandemia. La situación social y la normativa de emergencia sanitaria, local e nacional, obligó a cerrar las instalaciones desde el 13 de marzo hasta el 26 de mayo 2020, fecha en la que el Museo volvió a abrir sus puertas.

Durante este periodo, el Museo trasladó su actividad a las redes sociales buscando poner en valor las experiencias expositivas de sus cinco años de existencia a través de las visitas virtuales, junto con el resto de actividades y propuestas enmarcadas en sus áreas de actividad: programas públicos, educativos, cine, programas para alumnos del Campus, así como las publicaciones. Este esfuerzo digital tuvo una gran acogida entre el público y se denominó #MUNencasa  acompañado por la web y blog munencasa.es. Esta iniciativa se ocupa de actividades y propuestas que pueden disfrutarse a través de internet. (Visitantes online). Entre ellas destacan las entrevistas exclusivas que con gran generosidad nos hicieron llegar los propios artistas. El número de visitantes y visitas online subió en el ejercicio más de un 48 %, destacando principalmente el alto incremento (450 %) de las visualizaciones de las visitas virtuales, así como la duración de las sesiones de los visitantes en la web, que superó en sus cifras máximas, en 12 minutos al del resto de museos de la red. 

El cierre obligado y las limitaciones a la movilidad, impactaron en la cifra de visitantes que pudieron disfrutar de las instalaciones y propuestas del Museo. Durante todo el curso la cifra de visitas (a las exposiciones) y usuarios (personas que acuden al Museo a alguna actividad o propuesta) ascendió durante el periodo a 63.000. Si bien la cifra es algo más de la mitad de la cifra de ejercicios anteriores, el descenso fue menor que en otras instalaciones museísticas.