El Museo queda constituido como un nuevo centro de la Universidad. Su misión se centra en la promoción de la actividad cultural y artística de la Universidad, en diálogo con el panorama creativo actual, a través de actividades museísticas, presentaciones de las colecciones, programas públicos y eventos. Será un canal de formación e investigación en el campus y tratará de ofrecer un servicio cultural a la sociedad navarra. Además, colaborará con los demás centros de la Universidad en el impulso de la docencia e investigación sobre arte en sus diferentes manifestaciones.

Para su gobierno se ha formado un consejo de dirección que estará compuesto por cuatro consejeros.

Consejero general - Jaime García del Barrio
Tendrá la función principal de orientar, vigilar y estimular la actividad del Museo. Además, hace cabeza en el consejo dirección y cuida la ejecución de sus acuerdos junto al resto de miembros del consejo.

Director del museo - Miguel López-Remiro
Dirige y representa al Museo, gestiona la colección y la programación artística, así como la estrategia de investigación y divulgación.

Administrador - Fernando de la Puente
Ejerce de secretario del consejo de dirección. Responsable de la administración económica del Museo, mantenimiento, servicios generales, seguridad y dirección de operaciones.

Director de Comunicación y Desarrollo - Elisa Montserrat
Responsable de la imagen del Museo, la comunicación estratégica y las líneas de atracción de públicos y patrocinio.